De Michaël en Clemenskerk behoorde oorspronkelijk toe aan de orde der kapucijnen. Omstreeks 1916 ontstonden bij de kapucijnen de eerste plannen voor de stichting van een klooster in Rotterdam. In eerste instantie richtte men zich op de wijk Katendrecht. In 1918 werd zelfs een stuk grond gekocht (gelegen tussen Maashaven N.Z. en de Tolhuislaan). Dit bleek echter ongunstig gelegen en in 1922 werd het teruggekocht door de gemeente. In plaats van een nieuw klooster te bouwen kocht men een pand aan de Rechthuislaan waar zich vanaf december 1921 een kleine gemeenschap vestigde. De benedenverdieping diende als kerk. Het geheel werd op 29 december 1921 ingewijd.

Gedurende dezelfde tijd (1919) werd in een zaal in de Slotboomstraat in Charlois een kerkje ingericht toegewijd aan de H. Clemens. Dit kerkje was noodzakelijk omdat Charlois werd uitgebreid. De katholieken die daar woonden waren te ver verwijderd van hun parochiekerk. Het kerkje deed dienst als hulpkerk. In maart 1921 deed het kerkbestuur aan de bisschop van Haarlem het voorstel dat de kapucijnen dit kerkje zouden overnemen en daar een klooster zouden bouwen. Mgr. Callier stemde toe. Met ingang van 1 januari 1922 nam pater Joseph de zorg op zich voor de katholieken van Charlois, in eerste instantie nog vanuit Katendrecht. In februari 1922 kochten de kapucijnen een pand aan het Karel de Stouteplein. Hier kwam een klein aantal paters en broeders te wonen die voortaan verantwoordelijk waren voor het zieleheil van de katholieken van Charlois.

Op 1 juni 1924 kreeg broeder Felix van Dennenburg de opdracht een nieuwe kerk en klooster te ontwerpen, vermoedelijk ingegeven door de verwachte stijging van het inwoneraantal in Charlois. Hij werd hierbij geadviseerd door het architectenbureau Kraayvanger en ontwierp een kerk in robuust traditionalistische vormen. Op 5 november 1926 werd het grond-, hei- en betonwerk aanbesteed. Het werk werd gegund aan de Bredasche Beton Maatschappij H. Vriens te Breda voor een bedrag van fl. 82.850,-. Dit werk verliep voorspoedig en het grondwerk was in april 1927 voltooid. Daarna werd het werk voor de bovenbouw van kerk en klooster gegund aan E.J. van Crey te Rosmalen voor een bedrag van fl. 157.800,-. Op 22 augustus 1927 werd plechtig de eerste steen gelegd door pater Vitus, provinciaal van de kapucijnen. Hij werd hierbij geassisteerd door pater Robertus, de rector van Charlois en pater Cajetanus, de rector van Katendrecht. Al in december 1927 was het meeste buitenwerk voltooid. In juli 1928 is de kloostergemeenschap overgehuisd van het Karel de Stouteplein naar het nieuwe klooster gelegen aan de Dorpsstraat 52. De eerste communiteit telde 19 leden.

Op 21 augustus 1928 werd het kerkgebouw plechtig ingewijd door Mgr. J.D.J. Aengenent, Bisschop van Haarlem. De kerk werd toegewijd aan de H. Michaël. In het altaar werden de relieken van de H. Martelaren van Gorcum en de H. Proba geplaatst. Met de ingebruikname van de nieuwe kerk kwam het kerkzaaltje aan de Slotboomstraat vrij. Deze zaal ging gebruikt worden voor parochiële activiteiten (Clemenszaal).

In 1932 veranderde de naam van de kerk in de H. Michaël en H. Clemens. De Aartsengel Michaël was al vanaf 1922 patroon van het rectoraat in Charlois, in 1932 werd daar dus ook de H. Paus Clemens aan toegevoegd, aan wie de middeleeuwse parochie in Charlois was toegewijd. Op het moment dat de communiteit te Charlois officieel werd opgericht besloten de kapucijnen zich terug te trekken uit Katendrecht. In 1934 werden het kerkje en het huis te Katendrecht verkocht aan de Congregatie der Priesters van het H. Hart.

Na de Tweede Wereldoorlog groeide de parochie sterk en werd het kerkgebouw te klein. Op 5 juli 1951 werd een begin gemaakt met de uitbouw van de kerk aan de Dorpsweg. Met Pasen 1952 kon de kerk weer in gebruik worden genomen.

Na de oorlog had men de Clemenszaal (het oude kerkje aan de Slotboomstraat) verkocht. Na verschillende jaren sparen werd op 24 februari 1958 de eerste paal geslagen van een nieuw parochiehuis, het Clemenshuis. Een ontwerp van architect Gadron. Een jaar later werd het in gebruik genomen. In 1967/68 werd, naar aanleiding van de liturgische vernieuwingen zoals vastgesteld tijdens het Tweede Vaticaans Concilie, het interieur van de kerk aangepast. Achter het altaar, in het vroegere koor, werd een ontmoetingsruimte gecreëerd, t Clockhuys’, tevens werd een nieuw altaar geplaatst. Ook het klooster werd verbouwd. De voorbouw van het klooster werd ingericht als pastorie, de achterbouw en het terrein van de voormalige speeltuin werden verbouwd tot bejaardenwoningen. Op 10 maart werd de vernieuwde kerk geopend. In de jaren tachtig werd het Clemenshuis overgedragen aan de deelgemeente en werd het een wijkgebouw. Per notariële acte d.d. 30-12-1994 is door de kapucijnen de ‘grond met daarop staand kerkgebouw met sacristie, tuin en verder toebehoren’ verkocht aan de R.K. parochie H.H. Michaël en Clemens. De parochie ressorteert onder het bisdom Rotterdam.